政府、科学者、研究機関は、テクノロジーとイノベーションを利用して COVID-19 に取り組んでいます。
オープン ソース ツールが開発されており、この致命的なウイルスの結果を最小限に抑えるために展開された取り組みをサポートするために、一部のツールは引き続きテストされています。
さまざまなオープンソース ツールがすでに導入されており、研究者がこの病気について学び、感染拡大を特定し、拡散を防ぎ、さらなる感染拡大と死亡を最小限に抑えるのに役立っています。 さまざまなプロジェクトが利用可能です 教育エコシステム さまざまなツールの使用方法を概説しています。
この記事では、COVID-19 の監視、予防と封じ込め、診断、および治療に使用されているオープンソースのツールとライブラリのいくつかを取り上げます。
COVID-19追跡マップ
1 月に、JHU のシステム理工学センターは、 COVID-19 グローバル トラッキング マップ これは、急速に進化するパンデミックのリアルタイム データの国際的に信頼できる情報源になりました。
このマップはオープン ソースであり、トップ メディア組織、小規模組織、および地方自治体による調査および視覚化の取り組みを強化するために使用されています。
DXY-COVID-19-クローラー
DXY-COVID-19-Crawler は、1 月に COVID-19 に対応するために開発された最も初期のオープンソース プロジェクトの 1 つです。
開発者は、中国の開業医が症例の報告と追跡に使用したサイトである DXY.cn のデータを利用しました。 彼らは、サイトからデータを収集し、API とデータ ウェアハウスを通じて利用できるようにする Web クローラーを開発しました。 コードは ギットハブ.
オープンデータキット
オープン データ キット (ODK) 新しいツールではありません。 2004 年に西アフリカで発生したエボラ出血熱の発生時や、2019 年にコンゴ民主共和国で発生した最近の発生時にも使用されています。
主に、ユーザーが接触者追跡、戦略的マッピング、意思決定支援、コミュニティの意識向上、およびケース管理でデータを収集、管理、および使用するのに役立ちます。
ODK コミュニティは、COVID-19 への対応として、デプロイでレポート フォームを利用できるようにすることで、その使用をさらに進めました。 このフォームは、ケースの調査、接触者の追跡および調査に関する世界保健機関のプロトコルに従って設計されています。
主任開発者は、COVID-19 に対応して ODK をデプロイしたすべての組織に対して無料のサポートも提供しています。
ネクストストレイン
ネクストストレイン 病原体の進化を追跡します。 以前は、病気の家族歴を調べるために使用されていたため、病気の進行を予測することができました。
これは、エボラなどの以前の流行で成功裏に使用されてきました. Nextxtrain は、すべてのインフルエンザ データを共有するためのグローバル イニシアチブ (Gisaid) からの遺伝子データを通じて、COVID-19 に取り組むために使用されています。
DHIS2
あなたはおそらくすでに知っている DHIS2. これは、世界最大の健康情報管理システムです。 70カ国以上で使用されています。 COVID-19 への対応の一環として、DHIS2 は、感染の検出、報告、監視、および病気の治療を加速するデジタル データ パッケージをリリースしました。
DHIS2 デジタル データ パッケージは、COVID-19 の症例定義と監視に関する WHO のプロトコルに沿った標準メタデータを利用して、迅速な展開と対応を可能にします。
ピコバル西ジャワ
インドネシアの疾病および災害情報調整センターは、インドネシアの西ジャワ州で COVID-19 を軽減および対応するために設立された危機対応センターです。
Jabar デジタル サービスは、対応の一環として、 オープンソースの Web ツールとアプリ これにより、ユーザーは最新の COVID-19 データにアクセスできます。
OpenMRS
OpenMRS は、世界中の多くの発展途上国で使用されている患者ケア システムです。 の柔軟性により、 OpenMRS システム、医療資源が圧迫されている国は、COVID-19 の監視、スクリーニング、治療に使用できます。
このシステムは、危機への対処に関する科学的根拠に基づいた情報にアクセスできるようにすることで、彼らの能力を拡大するのに役立ちます。
OpenLMIS
の OpenLMIS プロジェクト コミュニティに焦点を当てた戦術を利用して、オープンソースで調整可能なロジスティクス管理情報システムを開発しています。 OpenLMIS システムは、データの精度の向上、説明責任の向上、データの適時性および可視性の向上を目指しています。
OpenLMIS システムは、ヘルス サプライ チェーン、医療リソースの在庫を強化して、検査キットや PPE (個人用保護具) などの利用可能な医療用品を明確に把握できるようにすることを目的としています。 このツールは、COVID-19 への対応としてリソースを割り当てる意思決定者をサポートするために効果的に展開できます。
ヘルスサイト
の グローバルヘルスサイトマッピングプロジェクト は、世界中のすべての医療施設をマッピングし、すべての病院の詳細に簡単にアクセスできるようにすることを目的としたプロジェクトです。 医療施設に関するデータは、API を介してアクセスできるようになっています。
healthsites.io チームは、ユーザーと協力して、各医療施設の場所と連絡先の詳細を取得および検証し、オープン データ ライセンスを通じてデータを自由に利用およびアクセスできるようにします。
ソーマス
ソーマス (サーベイランスアウトブレイク対応管理および分析システム) は、オープンソースのモバイル e-health システムです。 これは、病気の制御と発生管理手順を実装するために展開されています。
COVID-19 の監視と早期発見のために、ガーナ、ナイジェリア、ネパール、フィジーなどのいくつかの国で効果的に展開されています。
SORMAS は、データ保護基準に準拠した無料のオープンソース システムです。
東京 COVID-19
他の多くの都市や政府とは異なり、 東京都 は、住民に COVID-19 について知らせるオープンソースの Web サイトを開発しました。 オープンソースにすることで、このサイトには 200 を超えるユーザーからの貢献が見られました。 千葉、長野、福岡の3都市がウェブサイトを作り直した。
OpenELIS
の目的 OpenELIS ヘルス システム 治療オプションを改善するためにさまざまな健康イニシアチブで使用できる、進歩的な標準ベースの検査室情報管理システムを提供することにより、医療を改善することです。
COVID-19 の発生により、接触者の追跡と疑いのある症例の大量検査という世界的な課題が提示されました。 OpenELIS システムは、COVID-19 への取り組みに効果的に導入して、臨床検査と結果の追跡を容易にすることができます。
の コミュニティ ヘルス ツールキット は、到達が困難な地域でのコミュニティの健康イニシアチブで使用するためのデジタル ツールを構築および展開することを目的とした、オープン ソース ツールとオープン アクセス リソースのコレクションです。
Community Health Toolkit 開発者コミュニティは、地域の医療従事者が COVID-19 に取り組むのをサポートすることを目的としたツールとリソースを開発するために動員されました。
チャイム
の COVID-19 エピデミックの病院影響モデル (CHIME) は、ペンシルバニア大学ペン メディシンのデータ サイエンティストによって開発されたオープンソース アプリケーションです。 これは、病院が医療リソースに対するウイルスの影響を予測できるようにするオンライン ツールです。
Python と pandas オープンソース依存関係を使用して開発されています。
COVIDケアマップ
の COVIDケアマップ 既存の医療リソースをマッピングし、病院のベッド、人工呼吸器、医療用品、人員配置のギャップを予測するのに役立ちます。 メソッド、データ処理ツール、ビジュアライゼーション、およびソース コードはすべて無料でオープンソースです。
COVID Care Map プロジェクトは、急速に増加する COVID-19 感染と集中治療を必要とする人々を効果的にケアするための支援を予測し、行動することを目指しています。
Locale.ai
Locale.ai は、世界中で確認された COVID-19 のすべての症例をオープンソースでインタラクティブに視覚化するツールを開発しました。 ジョン ホプキンス大学のオープンソース データセットに対してクエリを実行します。
Locale.ai が開発した COVID-19 可視化 Web サイト Vue.js は、開発者が最新の Web アプリを作成できる一般的なフレームワークです。
世界中の COVID-19
このアプリ マップの視覚化を利用して、COVID-19 の蔓延、確認された症例、および世界中の病気の発症を監視します。 John Hopkins CSSE のデータを利用しています。
コロナウイルストラッカー
これは、John Coene によって開発された Shiny アプリです。 John Hopkins、DXY データ、および Weixin からのデータを使用して、COVID-19 の拡散を追跡します。 このアプリは、疑い例、確定例、回復例の数を時間と地域別に表示します。 コードは ギットハブ.
COVID-19 グローバル ケース
COVID-19 グローバル ケース は、Christoph Schoenenberger によって開発された、COVID-19 の展開を地図、プロット、要約表、および図で示す Shiny アプリです。 そのコードは Github で入手できます。
政府と COVID-19
これはによって開発されたシャイニーアプリです セバスチャン・エンゲル=ウルフ. これは、COVID-19 の指数関数的成長、感染が 2 倍になるまでの日数、確認された症例、死亡率、およびさまざまな地域の 100,000 人あたりの確認された症例の数をマッピングします。 コードは Github で入手できます。
まとめ
オープンソース コミュニティは、COVID-19 のパンデミックに迅速かつ効果的に対応してきました。 多くのプロジェクトが構築されており、病気の蔓延に取り組むために構築され続けています. この記事では、いくつかのプロジェクトについて説明します。 今後数週間で病気がどのように進行するかについては、まだ不確実性があります。 既存のオープンソース テクノロジを活用できるプロジェクトが増えれば、この致命的な病気との戦いに場所が見つかるでしょう。
おげんきで！
Education Ecosystem の CEO、Michael J. Garbade 博士による記事
